En el mes de septiembre se matriculan para el año lectivo 1992 – 1993, 150 jóvenes estudiantes entre las edades de 12 a 18 años, la mayoría extra edad por falta de oportunidad para ingresar a estudios secundarios, todos estudiantes de sexto grado y distribuidos en cinco grupos.

Durante la administración del Gobernador del departamento del Putumayo. Doctor SEGUNDO SALVADOR LASSO GOMEZ, se aportaron los recursos para elaboración de los planos e iniciar la construcción de la primera planta que se realizó con el esfuerzo y la participación de Padres de familia, estudiantes, docentes y directivos, en numerosas mingas, de tal manera que en año 1993 se construyó el primer piso y se inició la adecuación de aulas en el lote donado por la junta de acción comunal del barrio la Esmeralda. En los años 1994 y 1995 gracias a la gestión realizada por el ilustre parlamentario JULIO MESIAS MORA ACOSTA (Q.E.P.D.) quién gestiono ante el Fondo de Inversión Social un aporte de $92.000.000 se logró la terminación del segundo y tercer piso.

Para 1994 ya empezó a funcionar los grados séptimos y octavos en la primera planta y se construye la placa para cubrir el segundo piso; en el año 1995 se habilitan aulas en el segundo piso y se realizan trabajos de adecuación. En los años siguientes y con el apoyo y la colaboración de las diferentes administraciones tanto departamentales como municipales pero especialmente con el trabajo comunitario de los padres y madres de familia, cuerpo de docentes, estudiantes y comunidad en general, poco a poco se hizo realidad las aspiraciones de los habitantes del sector y del municipio de Mocoa, de contar con una nueva institución educativa con una planta física adecuada y que lleva orgullosamente el nombre de nuestra ciudad capital, Mocoa.

El 3 de Febrero de 2003 el Colegio Ciudad Mocoa, mediante Resolución Número 0157, cambia la razón social a Institución Educativa Ciudad Mocoa.

La preocupación permanente de directivos y docentes ha sido siempre el de brindar oportunidades a los y las jóvenes para que desarrollen su capacidad intelectual y la vez todo tipo de habilidades, con este propósito los docentes y estudiantes elaboraron proyectos que intentan proponer en ellos alternativas de solución a problemas reconocidos en el entorno, se empieza a realizar prácticas y ensayos que más tarde permiten crear grupos juveniles con unos objetivos y planes de acción que poco a poco y con mucho esfuerzo de sus integrantes se han ido consolidando como verdaderos representantes de la cultura institucional, con una amplia trayectoria y un prestigio bien ganado en eventos de carácter local, regional, nacional e internacional.