La bandera consta de dos colores, repartidos igualmente en dos franjas con el escudo de la institución, bordado al centro. Su significado es el siguiente:

EL AZUL, representa el aire puro de nuestra selva, los numerosos ríos que riegan con sus aguas nuestro territorio y que debemos conservar y proteger. Representa el horizonte que nuestros alumnos deben forjar y sortear para conseguir los sueños y las ilusiones fijadas.

EL BLANCO; Significa la humildad y la pureza de nuestra comunidad educativa, que buscan siempre la superación de sus hijos. Refleja también el trabajo, la voluntad y el sentido de pertenencia hacia el establecimiento educativo, significa también la paz que todos debemos buscar  para que nuestro territorio y Colombia progresen. 

Encarna también el compromiso real y sincero de todos, por sacar nuestro colegio, nuestro municipio, nuestra nación del subdesarrollo en que se encuentra.