La Institución Educativa Ciudad Mocoa ha forjado a lo largo de dos décadas de existencia una historia importante, que a pesar de las múltiples dificultades, ha librado luchas ejemplarizantes que se visualizan con conquistas de mejoramiento en el bienestar de la comunidad educativa, en el nivel académico y egresados con una formación integral que fácilmente continúan estudios superiores y/o ingresan al campo laboral, lo que la consagra como una de las mejores del Departamento. El logro de estos objetivos se ha hecho posible gracias a la visión, misión y enfoques metodológicos pertinentes a los contextos en que se desarrolla la población estudiantil con la que cuenta la institución.

A finales de la década de 1,980 y comienzos de la década de 1990, Mocoa contaba únicamente con dos instituciones educativas con básica secundaria y media vocacional que eran Santa María Goretti y Pio XII. Para entonces, el incremento de la población estudiantil exigía mayor cobertura, pues estas dos instituciones no satisfacían tal necesidad.